L'Archivio ha inizio con l'istituzione della Diocesi di Noto (Bolla del 15 maggio 1844).
Il primo nucleo di materiale fu costituito dagli atti della Curia vicariale di Noto insieme a registri di amministrazione e cappellanie varie della medesima città.
Le carte precedenti alla istituzione della diocesi sono conservate presso l'Archivio diocesano di Siracusa, da cui fu enucleata la Diocesi di Noto. Dopo esser stato soggetto a diversi traslochi, l'archivio ha trovato una più adeguata sistemazione nei locali della Curia Vescovile di Noto.
L'archivio è stato riordinato dal dott. Salvatore Maiore nel 1992 ed è stato dichiarato di notevole interesse storico dal Soprintendente Archivistico per la Sicilia il 16/01/1996.
L'Archivio, oltre ai fondi documentari, ha costituito le seguenti Sezioni:
1) Emeroteca;
2) Videoteca
3) Fototeca
4) Archiviazione digitale
5) Manifesti.
Nel corso dell'ultimo decennio nell'Archivio sono stati costituiti nuovo fondi documentari: Segreteria vescovile, Sinodi diocesani, Santuario ed eremo di San Corrado fuori le mura, Azione Cattolica Diocesana, Santuario della Madonna della Scala, Opera Pia Giavanti, Confraternita di Sant'Antonio Abate di Noto, Confraternita di San Giovanni Battista di Noto, Pergamene.
Nell'archivio è presente anche una sezione multimediale con foto e filmati storici.
L'archivio è frequentato da studiosi di varia estrazione: docenti, ricercatori, studenti universitari, studenti di accademie di belle arti, studenti di facoltà teologiche e di istituti di scienze religiose, seminaristi e sacerdoti, studiosi locali. Vi si svolgono anche visite guidate e incontri di formazione.
Attualmente è in atto l'attività di riordinamento e di inventariazione elettronica con software CeiAr.